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パパイヤの種子を蒔いて、蒔いた鉢にラップを被せて湿度を保ち、それを日が照っている場所に置いておいたのですが
気がついたら鉢が非常に熱くなっており、ラップを取ったら湯気が出ていました！もうこうなってしまったら発芽はしないでしょうか？

パパイヤの発芽適温は25〜30℃（最低気温）。
それくらいの最低気温を維持できる環境、または時期に行います。
最低気温を維持できない場合、食用の果実から採った種子は乾燥させて保存します。
休眠サイクルがあるということで、なかなか発芽しないこともあります。

ご存じとは思いますが、発芽に直射日光は不要です。
気温を維持するために日向に出したということなら、夜間の気温が維持できないので、あまり意味がないでしょう。
私の経験ではラップなどもやめておいた方がいいようです（カビが発生しやすくなる）。
極度に乾燥する場所なら別ですが、種子が十分に吸水していれば必要以上に空中湿度を高くする必要はないでしょう。

> もうこうなってしまったら発芽はしないでしょうか？

こればかりは何とも言えませんね。
気温を維持して、日陰で様子を見るしかないと思います。

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