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はじめまして。　ペチュニアを種から育てています。
こちらは北海道で、まだ桜もさいてません。
芽がでた苗は、室内の窓際で育てているのですが
どうも葉の色が薄く、ひょろひょろしてます。
日照不足？と思い日によく当てると、ますます色がうすく
なるような・・・。しおれて苗がたおれているものも
あります。
がっちりして緑色の苗に育てるにはどうしてあげれば
いいのでしょう・・・。

> がっちりして緑色の苗に育てるにはどうしてあげれば
> いいのでしょう・・・。

こればっかりは日に当てるしかないですよ。
桜が咲いていないということは蒔き時じゃないって事ですよね〜。
もうちょっと遅く蒔いて屋外で育てれば簡単なのですが。

おそらく徒長してもやしっ子になっているのではないかと思います。
今の状態だと急に日に当てると慣れない日差しにやられて、シナシナになります。
徐々に日に当てるようにして下さい。

いくら日当りがよくても、ガラスを通した光は直射日光と比べて植物が使える
光の成分が減ります。
お日様大好きにペチュニアには室内の日差しでは足りないでしょうねぇ。

北海道在住です。
私も現在、窓際でペチュニアを苗立てしていますが、
多少、葉色の薄さは否めないものの、窓際でも立派な株に育ちつつありますよ。
ちょっと栽培状況がわかりにくいのですが、
・現在、本葉は何枚くらい出ていますか？
・ポット上げしたあとですか？まだ蒔き床のままですか？
・日中、換気などしていますか？
本葉が2〜3枚出たらポット上げすると良いのですが、ポット上げしていると仮定して
・肥料はあげていますか？（ただし、ポット上げ直後は1週間ほど養生。）

ちなみに、肥料はハイポネックス微粉などのカリ成分の多いものを使うと、根や茎ががっちりします。
徒長してしまった茎は、ピンチしてあげれば脇芽が出てこんもりしますので、本葉が4〜5枚出たら、頂芽を摘んでみると良いでしょう。
また、この時期の窓際、日中は結構暑いですので、換気しないと小苗の場合は立ち枯れ病になることがありますよ。
私は仕事で日中いないので、通風のため小型の扇風機を回しておいてます。（苗に直接風を当ててはダメ。）
しおれて倒れているのは、立ち枯れ病の可能性大なので、元気なものとは隔離するか、抜いて処分してしまったほうが良いかもしれません。
日中、気温が高めの日は、透明の衣裳ケースなどに入れて（ふたは少し開けてくださいね）屋外に出した方が良いですよ。